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Einkaufsliste
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Einen LAMP-Arbeitsplatz einrichten kann einiges an Arbeit bedeuten, wenn man bei Null anfängt. Zusätzlich sind viele Entscheidungen zu treffen, da unsere Protokolle für Hochdurchsatzmessung von Tausenden Proben oder für wenige Proben im Freundes- und Famlienkreis angewandt werden können. Darum haben wir eine Einkaufsliste erstellt! Alle (eventuell) nötigen Verbrauchsmaterialien und Geräte auf einen Blick, inklusive nach welchen Alternativprodukten oder -händlern man im Fall von Lieferschwierigkeiten suchen sollte.
Verbrauchsmaterialien
Mikroreaktionsgefäße
Mikroreaktionsgefäße im Format 1,5 ml oder 2 ml sind für viele Prozesse im Labor unentbehrlich. Sie werden benötigt, um Reagenzien zu mischen oder zu lagern, Reaktionen in größeren Volumina durchzuführen, und vieles mehr. Ein zwei Beutel auf Lager zu haben ist immer sinnvoll. Für RT-LAMP kann man prinzipiell frei aussuchen welches Produkt an kauft, wir empfehlen aber “low-bind” -Reaktionsgefäße aus speziellem Plastik, das das Anhaften von Probenmaterial an den Gefäßwänden minimiert.
Mikroreaktionsgefäße werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Reaktionen in allen Formaten.
PCR-Streifen
PCR-Streifen mit 8 x 200 Mikroliter Fassungsvermögen sind ideal für die Messung einzelner weniger RT-LAMP- und beadLAMP-Proben. Die Farben der Reaktionen sind hier besonders gut sichtbar. Zu einer Packung PCR-Streifen muss immer eine Packung Deckelstreifen gekauft werden so können die Reaktionen sicher verschlossen werden. Es gibt flache oder runde Deckel, wenn euer Heizblock o.ä. keinen beheizten Deckel hat, können die runden Deckel benutzt werden. Bei Auslesen der LAMP-Reaktion mittels qPCR-Cycler sollte man idealerweise spezielle qPCR-taugliche Streifen mit geeigneten optischen Eigenschaften benutzen.
PCR-Streifen werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Reaktionen, kleine Probensätze.
96-well-Platten
Für LAMP-Reaktionen im größeren Maßstab empfehlen wir 96-well-Platten. In jede der 96 Kammern passt eine RT-LAMP-Reaktion, und der Abstand der Kammern ist so gewählt, dass zeit- und energiesparend mit einer Multikanal-Pipette pipettiert werden kann. Bei der Wahl der Platte muss die Kompatibilität mit dem Gerät, das zum Heizen verwendet wird, beachtet werden. Bei Zweifeln: Händler kontaktieren.
96-well-Platten werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Reaktionen, größere Probensätze (mehr als 10).
Pipettenspitzen
Pipettenspitzen sind absolut essenziell. Eine Pipettenspitze is ein Einwegartikel und dient zum Transfer von Flüssigkeiten von einer Lösung zur nächsten. Filterspitzen werden genutzt wenn Kontaminationsrisiko besteht, sind aber teurer. Wir empfehlen den Kauf von bereits gefüllten Spitzenboxen.
Pipettenspitzen werden benötigt für:
Alle Versionen der RT-LAMP-Anwendungen. Wir empfehlen Filterspitzen für Hochdurchsatz-Laboratorien, die Tausende Proben bearbeiten, als Präventionsmaßnahme gegen Kontaminationen.
Falcon Tubes
Falcon Tubes sind Plastikbehälter mit Drehverschluss und Volumenmarkierungen, im 15- oder 50-Milliliterformat. Sie sind gut zum Mischen größerer Flüssigkeitsmengen wie etwa Puffer, Bead-Lösungen oder Mastermixes geeignet, und finden im Laboralltag ständig Anwendung.
Falcon Tubes werden benötigt für:
Alle Versionen der RT-LAMP-Anwendungen.
Plattenversiegelungsfolien
Wenn man 96well-Platten benutzt, muss man diese versiegeln bevor man die Reaktion startet. Hierfür werden Versiegelungsfolien aus Plastik verwendet. Kauft diese unbedingt wenn ihr im Plattenformat arbeiten wollt. Gutes Versiegeln ist essenziell, um Kreuzkontaminationen zu verhindern, also kauft von seriösen Händlern und versiegelt die Platte absolut dicht unter Zuhilfenahme eines Plattenrollers oder -versiegelers.
Versiegelungsfolien werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Anwendungen im Plattenformat. Hauptsächlich für großformatiges Testen erforderlich.
Reagenzreservoir
Reagenzreservoirs aus Plastik ermöglichen dem Benutzer das Pipettieren einer Lösung mit Multikanalpipetten. Sie sind durchsichtig, aus Polystyren- oder Polypropylenmaterial, steril verpackt und zur einmaligen Verwendung mit Multikanalpipetten (also grundsätzlich für hohen Probendurchsatz) empfohlen.
Reagenzreservoirs werden benötigt für:
Alle RT-LAMP Anwendungen im Plattenformat. Für das Testen großer Probenmengen.
Handschuhe
Das Tragen von Handschuhen ist beim Arbeiten mit RT-LAMP ein Muss. RT-LAMP ist sehr sensitiv und detektiert im Bereich von wenigen Dutzend DNA/RNA-Moleküle pro Reaktion. Handschuhe verhindern Kontaminationen und schützen dich, deine Kollegen und deinen Arbeitsplatz.
Handschuhe werden benötigt für:
Alle RT-LAMP Anwendungen. Handschuhe sollten immer getragen und regelmäßig gewechselt werden, besonders beim Wechsel zwischen Arbeitsbereichen.
Ausstattung
Einkanalpipetten
Einkanalpipetten mit einstellbarem Volumen werden zum Flüssigkeitstransfer genutzt und sind in jedem Testszenario absolut notwendig. Verschiedene Pipetten decken nur einen bestimmten Volumenbereich ab, also wird ein Satz Pipetten benötigt, der den Bereich 0,5 - 1000 Mikroliter abdeckt. Die Pipetten sollten idealerweise nicht nur mit einer bestimmten Art von Pipettenspitzen funktionieren. Falls unsicher, Hersteller kontaktieren.
Einkanalpipetten werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Anwendungen.
Multikanalpipetten
Mit Multikanalpipetten können bis zu 8 oder 12 Proben auf einmal pipettiert werden und beschleunigen damit das Arbeitstempo signifikant. Besonders sinnvoll, wenn große Probenmengen bearbeitet werden. Wir empfehlen dringend Multikanalpipetten beim Arbeiten mit 96-well-Platten und vor allem für bead-LAMP mit großen Probensätzen.
Multikanalpipetten werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Anwendungen, vor allem bei größeren Probenmengen, besonders für bead-LAMP.
Magnet für PCR-Streifen
Das Besondere an bead-LAMP ist die Konzentration der RNA aus der Probe durch magnetische Beads. Für kleinere Probensätze empfehlen wir einen Magneten für PCR-Streifen. Diese praktischen Magneten können zwei oder vier PCR-Streifen aufnehmen. Es gibt kaum Unterschiede zwischen den Herstellern, achtet auf gute Qualität und Kompatibilität mit den PCR-Streifen.
Magneten für PCR-Streifen werden benötigt für:
Nur für bead-LAMP und eher für kleinere Probenmengen.
Magnet für PCR-Platten
Für größere Mengen bead-LAMP möchte man, wie für RT-LAMP, idealerweise im 96-well-Format arbeiten. Es gibt Magneten, die speziell für dieses Format gemacht sind, in verschiedenen Ausführungen. Unserer Meinung nach sind Magneten, deren magnetische Teile den oberen Teil der Wells umfassen, am besten für bead-LAMP geeignet, weil sie es ermöglichen, das gesamte Ethanol problemlos vom Boden der Wells zu entfernen.
PCR-Platten-Magneten werden benötigt für:
Nur für bead-LAMP und eher für größere Probenmengen im 96-Well-Format.
Plattensiegelroller
Beim Arbeiten mit 96-Well-Platten und Versiegelungsfolien ist dichtes Verschließen essenziell um Kreuzkontamination zu verhindern. Dafür empfehlen wir einen Plattensiegelroller, ein einfacher Roller aus weichem Plastik. Im Low-Tech-Umfeld kann ein solcher Roller theoretisch aus zweckentfremdeten Haushaltsgegenständen improvisiert werden, solange man damit eine ordentliche Versiegelung erzielt. Sorgfalt zahlt sich bei der Kontaminationsprävention immer aus.
Plattensiegelroller werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Anwendungen im 96-Well-Format.
Ständer für Reaktionsgefäße
Ständer für Reaktionsgefäße gibt es in allen Farben, Formen und Größen. Ständer helfen dabei, organisiert zu bleiben und Chaos auf der Arbeitsfläche zu verhindern. Hier gibt es viele Auswahlmöglichkeiten, aber es kann rein nach persönlichen Vorlieben entschieden werden.
Ständer werden benötigt für:
Alle RT-LAMP-Anwendungen.
Tiefkühlboxen
Recht gewöhnliche Boxen aus Plastik oder Pappe, die Einschübe zum ordentlichen Verstauen von 1,5ml-Reaktionsgefäßen erlauben. Hilft dabei, übersichtlich und platzsparend mit limitiertem Platz im Gefrierfach klarzukommen.
Tiefkühlboxen werden benötigt für:
Das fachgerechte und geordnete Verstauen von Reagenzien und Proben im Tiefkühler.
Hitzequelle
Thermocycler
Ein Thermocycler ist ein verlässliches und präzises Laborinstrument und das genaueste Gerät zur Temperaturkontrolle von RT-LAMP-Reaktionen. Reaktionen können in Standard-Thermocyclern zur reinen Temperaturkontrolle oder in einem qPCR-Thermocycler zum gleichzeitigen Echtzeit-Fluoreszenznachweis durchgeführt werden. Ein Thermocycler scheint etwas übertrieben für ein niedrig technologisiertes Umfeld, kann aber selbst hier sinnvoll sein. Viele Labore geben alte Thermocycler günstig ab, daher kann man leicht ein gebrauchtes Gerät für einige Hundert Dollar kaufen. Ein neuer Thermocycler kostet einige Tausend Dollar.
Heizblock-Inkubator
Ein Heizblock hält eine konstante Temperatur - genau was man für RT-LAMP braucht - und ist deutlich günstiger als ein Thermocycler. Bei der Suche nach einem Heizblock unbedingt darauf achten, dass ein 96-Well-Einsatz vorhanden ist. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass die Reaktionen am besten in Heizblöcken laufen, ein beheizter Deckel ist eher optional.
Sous-Vide-Garer
RT-LAMP-Reaktionen können erfolgreich in Wasserbädern mit konstant 63°C durchgeführt werden. Am Einfachsten geht das mit einem Sous-Vide-Garer, wie in unserem bioRxiv-Preprint gezeigt wurde. So kann RT-LAMP ohne professionelles Laborequipment zu Hause durchgeführt werden.
In Kürze: Open-Source LAMP-Gerät
Ein Open-Source-Gerät zur Inkubation von Proben bei 63°C kombiniert mit Echtzeit-Fluoreszenzmessung. Entwickelt von Andrew Straw und seinem Team von der Universität Freiburg.